EuGene-PP est la déclinaison procaryote et automatisée d'EuGene, dédiée à l'annotation 100% automatique des génomes bactériens, en particulier en utilisant des données de type RNA-Seq orientées (mais il intègre comme EuGène des informations statistiques, de similarités protéiques...). Il permet en particulier de prédire des gènes non-codants, démarrage de transcription.
It is now easy and increasingly usual to produce oriented RNA-Seq data as a prokaryotic genome is being sequenced. However, this information is usually just used for expression quantification. EuGene-PP is a fully automated pipeline for structural annotation of prokaryotic genomes integrating protein similarities, statistical information and any oriented expression information (RNA-Seq or tiling arrays) through a variety of file formats to produce a qualitatively enriched annotation including coding regions but also (possibly antisense) non-coding genes and transcription start sites.
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